Aunque los dos Jedi escaparon a bordo de diferentes naves, Gunray continuó enviando más naves, cada una repleta de droides de batalla y vehículos de asalto. Desde el punto de aterrizaje en los pantanos, la fuerza invasora se desplazó hacia Nuevo Centriff, Vis y Parrlay, con el objetivo de destruir los sistemas de comunicación y mantener el bloqueo sin que Coruscant se percatara.
Los ataques continuaron en Harte Secur y Spinnaker, justo antes de llegar a la capital de Naboo, Theed. En pocas horas, el ejército arrasó Theed, dominando a las fuerzas de Seguridad Real de Naboo y dejando el planeta completamente bajo el control de la Federación.
El mismo Nute Gunray llegó a Theed y asumió el control desde la propia sala del trono de la Reina Amidala. Pero los dos Jedi sobrevivieron y llegaron a las praderas de Naboo. Después de conocer al gungan local Jar Jar Binks y hablar con el Jefe Rugor Nass, líder de los gungan, los Jedi finalmente llegaron a Theed.
Allí encontraron a Amidala y su corte llevados como prisioneros por droides de batalla. Los Jedi destruyeron los droides y Amidala aceptó volver con ellos a Coruscant, donde podría pedir ayuda en el Senado.
Atravesar el bloqueo espacial de la Federación de Comercio era muy complicado, pero la nave de la reina escapó por los pelos. Durante la fuga, se dañaron los escudos pero el droide astromecánico R2-D2 salvó la situación en el último momento. Durante la ausencia de la reina, se dio una rebelión fallida en Naboo, a parte de esto, el planeta se mantuvo estable el resto del reinado de la Federación.
Después de una breve parada en Tatooine a causa de un problema con los motores a causa de los disparos láser de la Federación, los Jedi y la Reina Amidala llegaron a Coruscant para hablar con el Senador Palpatine y el Canciller Valorum.
En una convocación especial del Senado, Amidala habló ante miles de delegados galácticos. Sus súplicas fueron inmediatamente acusadas de mentira y sin base por parte del senador de la Federación de Comercio, Lott Dod. El Senador Aks Moe de Malastare estuvo de acuerdo con Dod. La evidente corrupción del Senado decepcionó a Amidala, retrayendo la confianza depositada en el gobierno.
Bajo la influencia de Palpatine, Amidala sorprendió al Senado anunciando una moción de censura en contra del Canciller Valorum. Aunque era reacia a nombrarla, los senadores se la tomaron con entusiasmo. En cuestión de horas, Palpatine fue uno de los nominados para suceder a Valorum y prometió acabar con esa corrupción. En contra de las peticiones de Palpatine, Amidala volvió a Naboo, decidiendo que su destino estaba junto a su pueblo.
Amidala y los Jedi formularon un plan para capturar al Virrey Gunray en Theed. Con la ayuda de Jar Jar Binks, se formaron una alianza con el Jefe Nass y los gungan.
El Gran Ejército Gungan se tendría que enfrentar con el ejército droide de la Federación mientras la reina y los Jedi se infiltraban en el palacio de Theed con la ayuda de las fuerzas de Seguridad Real para capturar al Virrey. El pequeño número de pilotos de las fuerzas de seguridad de Naboo se pondrían en órbita con el objetivo de destruir la única nave de batalla presente: la Nave de Control de Droides, donde todos los droides de batalla se controlaban desde un único ordenador.
El plan empezó como se pensaba, pero la dinámica de la situación cambió con la llegada de Darth Maul, el aprendiz de Darth Sidious y empezó el Duelo en Naboo. Jinn y Kenobi vieron que se jugaba más que una mera disputa económica. Los dos Jedi se enfrentaron a Maul mientras la reina lideraba una emboscada en la sala del trono. Suficientemente pronto, Amidala y su Capitán de Seguridad Panaka capturaron con éxito a Gunray y Haako. En el interior del complejo del generador de energía de Theed, Maul luchó contra los Jedi e hirió letalmente a Qui-Gon Jinn. Luego Obi-Wan Kenobi mató a Maul. Pero el ejército droide aún estaba activo, hasta que la nave de control fue milagrosamente destruida por un participante inesperado entre los pilotos: el joven Anakin Skywalker, un esclavo recientemente liberado de Tatooine traído por los Jedi.
Con la derrota de la Federación de Comercio y la desactivación de su ejército mecánico, la invasión finalizó. La paz y el orden se reestablecieron, así como la relación entre los gungan y la gente de Naboo. Después de la muerte de Jinn, el Consejo Jedi nombró Caballero Jedi a Kenobi, y éste acepto al joven Skywalker como su aprendiz padawan. También después de la batalla se dio la elección de Palpatine como Canciller Supremo, y prometió que llevaría a Gunray y a sus tenientes ante la justicia y que acabaría con la corrupción en el Senado.
Pero después de cuatro juicios en la Corte Suprema, Gunray permanecería como Virrey de la Federación de Comercio.
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